Чтобы избавиться от этого открываем PuTTY, идем в секцию "Window / Translation" и в опции "Remote character set:", в которой по умолчанию стоит "KOI8-R", меняем значение на то, которое находится на стороне сервера (чаще всего это - UTF8) и подключаемся к нужной машине уже без "кракозябр".
Если нужно сохранить это значение на значение по умолчанию - то после смены кодировки в PuTTY нужно вернуться на вкладку "Session", выбрать пункт "Default Settings" и нажать "Save".
Так же можно сохранить определенную кодировку для каждого нужного нам сервера, для этого выбираем нужную кодировку, описанным выше способом, а затем во вкладке "Session" в опции "Host name (or IP address)" необходимо внести (Имя хоста или IP адрес), а в опции "Saved Sessions" имя сервера и нажать на "Save".
После выше указанных манипуляций "кракозябры" должны быть забыты как страшный сон.
За нарушения БАН!